基金の運営管理については、土木学会学術交流基金管理委員会(土木学会内の委員会、以下管理委員会)による企画・運営と、公益信託土木学会学術交流基金運営委員会(土木学会外の委員会で、運営委員は会長経験者が就任、以下運営委員会)による承認の二本立てにより実施しています。
運営委員会からの「学術交流基金は、土木界を取り巻く時代の変化に対応して活用すること、学術交流基金の名が残るような活動に効果的に使うこと、将来のわが国の土木界の活性化に資する活動に活用するべきである」との勧告をふまえ、管理委員会は、学術交流基金からの助成金の交付に関し必要な事項を定め、その適正な執行を図っています。
また、管理委員会では、土木学会の国際活動の活性化に資するよう助成対象と助成金額を立案し、助成対象事業における候補者の募集および選考ならびに助成を受けた事業の評価を行っています。
学術交流基金設立当初は、①日本在住者の海外派遣のための助成、②海外在住土木研究者の日本招聘、③国内開催の国際会議参加助成の三つ事業を実施していましたが、現在は、①二国間/多国間技術・学術交流支援事業(ジョイントセミナー、ACECC交流活動)、②グローバル人材育成・学術交流支援事業(Study Tour Grant)、③海外拠点形成・活性化事業(海外分会支援助成)を中心とした助成を行っています。