平成8年度土木学会会長松尾稔の発議のもとに、理事会企画運営連絡会議企画部門が中心となって、平成9年4月に「土木技術研究推進機構設立検討準備会」(主査:池田駿介企画部門幹事)が発足し、4回の審議を重ねて、その検討結果を平成9年9月の理事会に報告した。
理事会からは、さらに詳細に検討するようにとの指示が出され、その指示を受けるかたちで、「土木技術研究推進機構創設検討委員会」(委員長:松尾稔)が設立され、平成9年11月がら活動が開始された。
委員会では、2回の委員会、5回の幹事会を開催し、その間、企画運営連絡会議での議論、学会内委員会からの意見の聴取、関連学協会への説明を行い、さらに「土木技術推進機構の基本的枠組み」について平成10年1月開催の理事会に中間報告を行い、同年3月の理事会に具体化策を含めた検討結果として「土木学会技術推進機構に関する検討報告」を提出した。これを踏まえ、会員に対しては、ホームページ・学会誌を通じて周知を行った。
平成10年4月の理事会にて「技術推進部門」として発足することが承認され、部門としての活動を本格的に開始し、平成11年度からの事業開始に向けての検討もあわせて行われた。
平成11年5月の第85回通常総会にて正式にその設立が承認され、独自の活動を開始することとなった。
現在、ISO対応や建設技術者資格の相互承認などの調査、科学技術振興調整費によるプロジェクト研究を引き続き行っており、さらに機構としての新規事業の計画を検討している。
平成12年6月1日にこれまで機構長を兼務していた三好逸二専務理事にかわり新たに井畔瑞人氏が機構長に就任した。